Amber18 软件安装教程

1. 加载环境

命令行输入下述代码加载所需环境

module rm mpi/hpcx/2.7.4/gcc-7.3.1   #将系统默认编译器关闭

module load mpi/openmpi/4.0.2/gcc-7.3.1
module load mathlib/zlib/1.2.8/gcc
module load mathlib/pnetcdf/1.12.1/intel
module load mathlib/hdf5/1.8.20/gcc

2. 安装 Anaconda

参考帮助文档索引 -> 编译及运行环境 -> 软件安装示例 -> Anaconda。

3. 依赖包安装

3.1 szip-2.1.1安装

上传源码包 szip-2.1.1.tar.gz 至 /public/home/username/sourcecode 目录下，并执行以下命令：

tar zxvf szip-2.1.1.tar.gz  #解压
cd szip-2.1.1  #进入目录
./configure --prefix=/public/home/username/soft/szip  #编译&安装
make
make check
make install

添加环境变量

vi ~/.bashrc  
#szip
export PATH=/public/home/username/soft/szip/lib:$PATH  
export LD_LIBRARY_PATH=/public/home/username/soft/szip/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export LIBRARY_PATH=/public/home/username/soft/szip/lib:$LIBRARY_PATH
export PATH=/public/home/username/soft/szip/include:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/public/home/username/soft/szip/include:$LD_LIBRARY_PATH
export LIBRARY_PATH=/public/home/username/soft/szip/include:$LIBRARY_PATH
source ~/.bashrc  #刷新环境变量

4. Amber18 安装

4.1 安装CPU串行版本

上传源码包 Amber18.tar 和 AmberTools18.tar 至 /public/home/username/soft 目录下，并执行以下命令：

tar xvf Amber18.tar.bz2  #解压
tar xvf AmberTools18.tar.bz2
cd amber18  #进入目录
vi ~/.bashrc  #添加环境变量
#Amber
test -f /public/home/username/soft/amber18/amber.sh && source /public/home/username/soft/amber18/amber.sh
source ~/.bashrc  #刷新环境变量
./configure --with-python /public/home/username/anaconda3/bin/python gnu  #编译&安装
make install

4.2 安装CPU并行版本

./configure --with-python /public/home/username/anaconda3/bin/python --with-pnetcdf /public/home/username/soft/pnetcdf/ -mpi gnu # 编译&安装 

make install

./configure --with-python /public/home/username/anaconda3/bin/python --with-pnetcdf /public/home/username/soft/pnetcdf/ -openmp gnu

make openmp

4.3 CPU测试

cd /public/home/username/soft/amber18/test

bash test_amber_serial.sh  #串行测试

bash test_amber_parallel.sh  #并行测试

4.4 GPU测试

首先要申请拥有GPU显卡的队列，再进行作业测试：

cd /public/home/username/soft/amber18

make test

4.5 Could not import Amber Python modules报错

原因是amber下的 site-package 与python的 site-package 路径不一致，将 /public/home/username/soft/amber18/lib/python3.8/site-packages 目录下的文件全部复制到 /public/home/username/anaconda3/lib/python3.8/site-packages 下即可。

Amber