Gromacs2021 软件使用教程

1. 登录AC平台

1.1 默认用户已经申请资源，选择需要使用的计算中心

1.2 上传软件安装包

用户使用E-File将需要使用的软件安装包上传至家目录。

如下图所示，选择上传文件或者文件夹至家目录，也可以使用快传，需下载快传客户端。

1.3 安装软件

将软件部署到用户家目录下，示例路径/public/home/xxx/software/，如需使用root权限请联系工程师协助安装。

2. 软件使用

说明：在家目录下创建测试目录test，上传计算需要的文件，上传方式如第一章所示，不再赘述。

2.1 编写作业脚本

平台目前使用批处理作业，在图形界面如需使用分配模式，请联系管理员，并查看注意事项。

批处理作业是指用户编写作业脚本，指定资源需求约束，然后提交作业。

提交作业后，作业在系统中等待调度，在资源满足后，作业被分配到计算节点，用户可以复制修改已经提供的作业脚本。

Gromacs2021脚本

#!/bin/bash
#SBATCH -J gromacs #提交作业名为 gromacs
#SBATCH -N 2 #作业申请 2 个节点
#SBATCH --ntasks-per-node=32 #指定每个节点运行进程数为 32
#SBATCH -p kshctest #提交作业到 kshctest 队列

module use  /public/software/modules #使用modules
module rm   mpi/hpcx/2.4.1/gcc-7.3.1 #卸载mpi环境
module load compiler/intel/2017.5.239 #加载 intel 环境
module load mpi/hpcx/2.4.1/intel-2017.5.239 #加载 mpi 环境
module load apps/gromacs/2019.5/hpcx-2.4.1-intel2017 #加载软件环境

srun --mpi=pmix_v3  gmx_mpi mdrun -nsteps 6000 -ntomp 1 -v -s 2018.tpr -g log/test.log -c log/test.gro -e log/test.edr #提交命令

2.2 提交以及查看作业

将计算文件上传到用户测试目录下，并且作业脚本正确编写好，使用sbatch命令提交。

在命令行输入 sbatch run-opt.slurm（run-opt.slurm为作业脚本名称）

[shangling@login06 test]$ sbatch run-opt.slurm 
Submitted batch job 70809

提交成功后，使用命令squeue查看作业状态

[shangling@login06 test]$ squeue
   JOBID PARTITION     NAME     USER  ST   TIME  NODES NODELIST(REASON)
   70809  hfadtest   lammps shanglin  R    0:01      1 node43

使用命令scontrol show job 查看作业信息

[shangling@login06 test]$ scontrol show job 70809
JobId=70809 JobName=lammps
   UserId=shangling(2165) GroupId=shangling(10169) MCS_label=N/A
   Priority=1000 Nice=0 Account=shangling QOS=shangling_qos
   JobState=COMPLETED Reason=None Dependency=(null)
   Requeue=1 Restarts=0 BatchFlag=1 Reboot=0 ExitCode=0:0
   RunTime=00:00:12 TimeLimit=98-00:00:00 TimeMin=N/A
   SubmitTime=2021-09-18T10:00:51 EligibleTime=2021-09-18T10:00:51
   AccrueTime=2021-09-18T10:00:51
   StartTime=2021-09-18T10:00:54 EndTime=2021-09-18T10:01:06 Deadline=N/A
   SuspendTime=None SecsPreSuspend=0 LastSchedEval=2021-09-18T10:00:54
   Partition=hfadtest AllocNode:Sid=login06:261517
   ReqNodeList=(null) ExcNodeList=(null)
   NodeList=node43
   BatchHost=node43
   NumNodes=1 NumCPUs=128 NumTasks=128 CPUs/Task=1 ReqB:S:C:T=0:0:*:*
   TRES=cpu=128,mem=100G,node=1,billing=128
   Socks/Node=* NtasksPerN:B:S:C=128:0:*:* CoreSpec=*
   MinCPUsNode=128 MinMemoryCPU=800M MinTmpDiskNode=0
   Features=(null) DelayBoot=00:00:00
   OverSubscribe=OK Contiguous=0 Licenses=(null) Network=(null)
   Command=/public/home/shangling/test/lammps/test/run-opt.slurm
   WorkDir=/public/home/shangling/test/lammps/test
   StdErr=/public/home/shangling/test/lammps/test/slurm-70809.out
   StdIn=/dev/null
   StdOut=/public/home/shangling/test/lammps/test/slurm-70809.out
   Power=
   NtasksPerTRES:0

用户也可以在AC平台界面，通过作业查看

点击作业ID，可以查看详细信息

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