gromacs 作业脚本示例

#!/bin/bash
#SBATCH -J gromacs
#SBATCH -p kshctest
#SBATCH -N 2
#SBATCH --ntasks-per-node=32

module use /public/software/modules
module rm mpi/hpcx/2.4.1/gcc-7.3.1
module load compiler/intel/2017.5.239
module load mpi/hpcx/2.4.1/intel-2017.5.239
module load apps/gromacs/2019.5/hpcx-2.4.1-intel2017

srun --mpi=pmix_v3 gmx_mpi mdrun -nsteps 6000 -ntomp 1 -v -s 2018.tpr -g log/test.log -c log/test.gro -e log/test.edr

gromacs-DCU 作业脚本示例

#!/bin/bash
#SBATCH -J GROMACS-DCU
#SBATCH -p kshdtest
#SBATCH -N 2
#SBATCH --ntasks-per-node=4
#SBATCH --cpus-per-task=8
#SBATCH --gres=dcu:4

source /public/software/apps/gromacs-DCU/2018.7/hpcx-v2.4.1-gcc-7.3.1/bin/GMXRC

srun --mpi=pmix_v3 gmx_mpi mdrun -nsteps 6000 -ntomp 7 -nb gpu -pme cpu -v -s 2018.tpr -g log/test.log -c log/test.gro -e log/test.edr